Бенджамин Геза Афлек Болт е роден на 15 август 1972 г. в Бъркли, Калифорния, САЩ, но израства в Кембридж, който се намира в щата Масачузетс. Баща му е социален работник, а майка му е учителка. Има с три години по-малък брат Кейси. Бен иска да се занимава с актьорство откакто се помни.
За първи път се снима, в реклама на веригата ресторанти за бързо хранене „Бъргър Кинг”. През 1981 играе в телевизионния сериал „The Dark End of the Street” (1981). В този период се запознава и с Мат Деймън, който и до днес е му е много добър приятел и колега. Двамата се записват и на уроци по актьорско майсторство.
В тийнейджърските години на Бен преобладават телевизионните роли. Дебютира в киното (след малка роля в „Поле на мечтите”) в лентата „Училищни връзки”, с която изгряват звезди като Крис О’Донъл, Брендън Фрейзър и Мат Деймън. Следва роля в „Dazed and Confused”. През 1997 се снима в три филма – „Going All the Way”, „Да преследваш Ейми” и „Добрият Уил Хънтинг”, за когото си поделят с Мат Деймън „Оскар” за оригинален сценарий. Успехът е последван от участието на Бен в друг бокс офис хит – „Армагедон” (1998).
По време на снимките на „Влюбеният Шекспир” (1998) започва любовта му с Гуинет Полтроу. През 1999 се снима в „Природни сили” със забавната Сандра Бълок и в „200 цигари”. 2000-та година започва с „Двойни игри” с хубавата Чарлийз Терън и продължава много драматично с „Неочакван обрат”. Следва участие в американската военна драма „Пърл Харбър” (2001). 12 месеца по-късно става жертва на „Всички страхове” (2002), заедно с Морган Фрийман.
До края на календарната година се налага да направи и „Смяна на платната” (2002), този път със Самуел Л. Джексън. Идва време за романс с латино дивата Дженифър Лопес, на която Бен подарява годежен пръстен за 3,5 млн долара. Снимат се заедно в „Трудна свалка” (2003), който не успява да грабне симпатиите на зрителите.
Афлек продължава напред с екшън трилъра с елементи на фентъзи „Заплащането”, режисиран от Джон Ву. През 2005 се жени за актрисата Дженифър Гарнър, в края на същата година тя ражда дъщеря им Вайълет, а през януари 2009 се на белия свят идва и второто им момиченце Серафина.
През 2006 се снима с Ейдриан Броуди и Даян Лейн в „Холивудленд”, а през 2007-ма в „Димящи аса” с Анди Гарсия и Крис Пейн. След драматичната комедия „Той не си пада по теб”, ще го чакаме в трилъра на Кевин Макдоналд „Правилата на играта” с Ръсел Кроу.