Паула Уагнер е партньор на Том Круз в тяхното сдружение C/W Productions, което създават през 1993 г. Докато работят заедно, те продуцират много филми, които печелят многобройни награди и се радват на голям успех. Техен първи филм е международният хит „Мисията невъзможна”. Успехът им продължава с нашумелите „Без граници”, „Историята на Стивън Глас”, „Нарк”, „Другите”, „Ванила скай”, „Последният Самурай”, „Елизабеттаун” и „Питай прахта”.

Уагнер е изпълнителен продуцент на международния хит „Война на световете”, на режисьора Стивън Спилбърг, и на „Мисията невъзможна - 2 и 3”.

През 2001 г. Уагнер е удостоена от списание „Премиер” с наградата Icon. През 2004 г. тя и Том Круз са почетени с титлата „Продуценти за милиард долара” от Daily Variety.

След 13 години работа в C/W Productions , Паула Уагнер, заедно с Том Круз, стават съсобственици на United Artists Entertainment (тя е изпълнителен директор на компанията). Те поемат контрола над компанията през ноември 2006 г., като тяхната цел е да съживят студиото, което е създадено преди около 90 години от величия като Чарли Чаплин, Дъглас Феърбанкс, Мери Пикфорд и Д. У. Грифит. Прероденото студио стартира с политическия трилър „Офицери и пешки” с режисьор Робърт Редфорд и с участието на Робърт Редфорд, Мерил Стрийп и Том Круз.