Вернер Херцог е роден на 5 септември 1947 год. в Мюнхен, Германия. Той е режисьор , сценарист, актьор и режисьор на опери. Баща му е коренен германец, а майка му е Югословенка. По време на По време на Втората световна война техния дом в Мюнхен е бил разрушен и така семейството се премества в баварското селище Захранг. Животът сред дивата природа оказва значително влияние върху перспективите на Вернер и оставя дълбок отпечатък в творчеството му.
Когато Херцог навършва 12 години, с майка си се връща в Мюнхен. Там се запознава с психически нестабилния актьор Клаус Кински, който по-късно играе във всички негови най-големи филми. През 1961 Вернер се записва в университета в Мюнхен, където учи театър, литература и история. Като студент снима първия си късометражен филм „Херакъл“ (1962), а скоро след това успява да основе собствено кино студио.
През 60-те години на Херцог пътува много по света. Той се обучава за известно време в университета „Дюкейн“ в Питсбърг и продължава да работи над редица късометражни продукции.
Дебютният му филм „Even Dwarfs Started Small“ предизвиква истински скандал в родината му. Той е забранен в Германия, но въпреки това международната общност се отнася към него много положително. В него се разказва за анархисти-лилипути, които се вдигат на бунт в изправителна колония, това се смята аз алегория на политическия живот в страната към момента на създаването на продукцията. Снимките на филма са една съвсем отделна история. За първи път Вернер демонстрира своята същност на режисьор, граничеща с лудост. Така, по време на снимките на едното от джуджетата е ударено от кола, а друго по чудо се спасява, когато снима огнена каскада.
Две години по-късно, заедно с Клаус Кински и малък филмов екип, отиват в Амазония и заснемат първия истински шедьовър „Aguirre, the Wrath of God“ (1972). В желанието си да заснеме уникални казри, Херцог избира едни от най-опасните места, излагайки своя екип на екстремен риск. Кински дори решава да напусне снимачната площадка, но тогава режисьорът го заплашва с пистолет, като казва, че ще го убие, а след това ще се застреля и той. Въпреки обтегнатите отношения между двамата, Кински продължава да работи с Херцог, като създават заедно още четири големи филма, най-популярният, от които е „Fitzcarraldo“ (1982).
Следващите три филма на Херцог се считат от специалистите за не толкова успешни. В продължение на десет години режисьорът заснема само документални ленти. През 2001 г. се установява в Лос Анджелис и се завръща към игралното кино. В САЩ той е създава филми като „Rescue Dawn“ (2006) с Крисчън Бейл и „Bad Lieutenant: Port of Call New Orleans“ (2009) с Никълъс Кейдж.
Независимо от факта, че Херцог си сътрудничи с американски компании, не променя начина си на работа. Той кара Крисчън Бейл да отслабне с 25 кг за ролята в„Rescue Dawn“ и да изяде жива змия.
През 2010 год. председателства филмовия фестивал в Берлин.
Вернер е бил женен три пъти и има три деца, като всички са избрали пътя на известния си баща. Неговият най-голям син Рудолф е режисьор и продуцент, дъщерята Хана професионално се занимава с фотография, а най-малкият син Симон учи в Колумбийския Университет.