Eмили Уотсън е родена и израстнала в Лондон на 14 януари 1967 год. Тя е дъщеря на Катрин – учителка по английски и Ричард Уотсън – архитект. Посещава университета в Бристъл 3 год., със специалност английска литература, след като кандидатурата ѝ за драматичното училище е отхвърлена.
След като работи различни дейности, за да се издържа, най-накрая е приета. През 1992 год. тя отива в Royal Shakespeare Company, където се среща с бъдещия си съпруг Джак Уотърс. Междувременно, докато работи в театъра се снима и в първата си роля – като Бес МакНийл в „Breaking the Waves“ (1996), след като Хелена Бонъм Картър отхвърля ролята. За това Уотсън е номинирана за „Оскар“. Тя продължава да жъне успех във Великобритания, участвайки в главни роли във филми като „Metroland“ (1997) и „The Mill on the Floss“ (1997), но първата продукция, с която печели популярност в САЩ е през 1997 в „The Boxer“ (1997), където играе изстраданата любов на Даниел Дей-Люис.
През следващите две години тя печели овациите на критиката, с ролята си на виолончелистката Жаклин дьо Пре в „Hilary and Jackie“ (1998), има малка роля в лентата на Тим Робинс „Cradle Will Rock“ (1999). Тотален успех ѝ печели „Angela's Ashes“ (1999) по едноименната книга на Франк МакКорт. Следват няколко по-непопулярни роли в „Trixie“ (2000) и „The Luzhin Defence“ (2000), за да блесне отново във филма на Робърт Алтман „Gosford Park“ (2001).
Статусът ѝ на първокласна актриса се утвърждава с появата и в „Red Dragon“ (2002), третата част от поредицата за Ханибал Лектър, футуристичния „Equilibrium“ (2002) и забележителната продукция на Пол Томас Андерсън „Punch-Drunk Love“ (2002). Към момента актрисата живее в Лондон, заедно със съпруга си Джак Уотърс.
