Джон Гевин Малкович е роден на 9 декември 1953 г. в Кристофър, Илинойс, САЩ. Родителите му дълго време са във вестникарския бизнес - притежават и списват провинциален вестник в родния им град Бентън Ил. През 1976 г.
Джон се присъединява към театър “Степънулф”, току-що открит от неговия приятел Гари Синийз. Седем години по- късно стъпва в Ню Йорк и печели наградата “Оби” за играта си в пиесата на Сам Шепърд "True West". Междувременно се появява за първи път в киното - като статист във филма на Робърт Олтман “A Wedding” (1978). През 1982 г. се жени за Глен Хедли, бракът им продължава шест години. През 1984 се появява с Дъстин Хофман в телевизионната адаптация на “Смъртта на търговския пътник” по Артър Милър, което му носи номинация за “Еми”.
Истинският дебют на Малкович на голям екран е през 1984 в “Places of the Heart”, за изпълнението си е номиниран от Академията за поддържаща роля. Следват “The Killing Fields” (1984), “Стъклената менажерия” (1987) по пиесата на Тенеси Уилямс и “Империя на слънцето” (1987) на Спилбърг. За да бъде запомнен чак като Виконт дьо Валмон в “Опасни връзки” (1988). Ролята му в пищната костюмна драма редом до Мишел Пфайфър и Глен Клоуз, го прави известен в киноиндустрията. През 1989 г. Малкович се жени за втори път, дамата се казва Николета Пейран. На следващата година се ражда дъщеря му Амандин, а през 1992 и синът му Лоруи.
Заедно с неговото момченце се ражда и една от най- силните му роли - на бавноразвиващия се Лени в “За мишките и хората” (1992) по романа на Джон Стайнбек и под режисурата на приятеля му Гари Синийз. Той става лудия психар във филма на Клинт Истууд “Под прицел” (1993), за който е номиниран за “Оскар” и за “Златен глобус”. През 1994 г. напуска университета в Илинойс. Година по-късно се снима при Микеланджело Антониони в “Отвъд облаците” (1995). Следват “Мери Райли” (1996), в който е Д-р Джекил и Мистър Хайд и “Въздушен конвой” (1997), в който отново е злодей. 24 месеца по-късно играе себе си в “Да бъдеш Джон Малкович (1999). Преди да заснеме пълнометражния си режисьорски дебют “Стъпките на танца” (2002) с участието на Хавиер Бардем, се снима при Майк Фигис в “Хотел” (2001).
Четири години по-късно Илинойският университет го удостоява с бакалавърска степен за завършено висше образование, въпреки прекъсването десет години по-рано. През 2006 се превъплъщава в известния австрийки художник Густав Климт в едноименния филм “Климт” (2006) . След “Изгори след прочитане” (2008) ще го видим в “Подмяната“ на Клинт Истууд и в драмата “Disgrace” (2008). Актьорът има хърватски корени. Обича много Португалия, където е собственик на дискотека и има къща. Често посещава кинофестивала в Сараево (Босна).
