Ян Кунен е роден на 2 май 1964г. в Утрехт, Холандия.
Преди игралния му дебют „Доберман”/1997/ е известен с работата по клиповете на „Erasure” – “Lay All Your Love On Me”, “Voulez-vous” и “Always”. Още с дебютната си седмица на екран, „Доберман” придобива статуса „култов”. Актьорският състав включва имена като Венсан Касел, Чеки Карио, Моника Белучи, Ромен Дюри и Гаспар Ное. През 2004г. Кунен снима втория си игрален филм „Блубъри”. В главната роля отново е Венсан Касел, а сред останалите имена в каста са Майкъл Медсън, Джулиет Луис, Колм Мийни и Чеки Карио. Докато снима в мексиканската джунгла, Кунен е обсебен от идеята да заснеме документален филм за обитателите на дивите райони в Америка.
„Други светове” представя традициите и културата на племето Шипибо- Конибо, обитаващо джунглата в района на Перу. Интересът на Ян Кунен към документалното кино продължава и със следващия му филм „Даршан”, в който режисьора представя тайнствата на Индия.
През 2007г. на голям екран излиза екранизацията по романа на Фредерик Бегбеде „99 франка”.
През 2008-ма Ян Кунен е един от осемте режисьора взели участие в проекта „8”. Останалите са Вим Вендерс, Гюс Ван Сант, Мира Наир, Гаел Гарсия Бернал, Джейн Кеймпиън, Гаспар Ное и Абдерахман Сисако.