Стефан Китанов е роден в София на 31 октомври 1961 г. Завършил е две висши образования - Финанси и кредит във ВИИ „Карл Маркс”, София (1984), и Кинознание в НАТФИЗ „Кръстьо Сарафов” (1991). През 1993 и 1994 живее в Англия и учи Артс Мениджмънт в „De Montfort University”, Лестър.
От 1992 до 1999 г. Китанов е директор и програматор на Дома на киното, най-значимото арт-кино в България. С основаването на продуцентските фирми РФФ Интернешънъл (1994) и Арт Фест (2001) започва организирането на ежегодни филмови фестивали в България. В качеството си на директор и продуцент организира Мюзик Филм Фест (1997 и 1998), София Мюзик & Филм Фест (1999 и 2000) и Международния София Филм Фест (който се провежда ежегодно от 2001 г. насам), както и няколко по-малки филмови събития. София Филм Фест е включен от сп. “Варайъти” сред 50-те най-значими филмови събития в света и е признат за най-успешния международен кинофестивал в България.
Китанов е асоцииран продуцент на британските филми „Англия, моя Англия” (1995) и „Странната история на Делфина Потоцка или тайната на Шопен” (1999), режисирани от Тони Палмър. От 2000 г. продуцира 10 игрални и документални филма, повечето от които са европейски копродукции.
От 2003 г. Китанов разпространява в България европейски филми на режисьори като Вим Вендерс, Франсоа Озон, Фатих Акин, Аки Каурисмаки, Ларс фон Триер, Рангел Вълчанов, Братя Дарден, Сузане Биер, Корнел Мундруцо, Радивое Андрич, Душан Милич.
Стефан Китанов е национален представител на България в управителния борд на ЕВРОИМАЖ, Страсбург, в периода 1997–2000 г. От юни 2003 г. е член на Европейската филмова академия (ЕФА). От 2005 г. е поканен да участва в журито на ЕФА, определящо наградата за най-добър композитор, а от 2006 г. е селекционер на номинациите за наградите на ЕФА. Китанов е бил член на жури на фестивалите във Венеция, Кан, Карлови Вари, Москва, Висбаден, Франкфурт, Мотовун. През 2007 и 2008 г. е член на журито за определяне на номинациите за наградата LUX на Европейския парламент. Китанов е носител на наградите „Златно перо” и „Златна мартеница”.
