Действието във филма се развива 15 години след последния сезон на първия сериал „Мисия невъзможна“. Вторият сериал описва мисиите на екип от тайни агенти на американското правителство, наречен „Отряд за невъзможни мисии“ (в ролите: Тао Пенглис, Тони Хамилтън и Фил Морис).
След като един от първоначалните шефове бива убит, пенсионираният Джим Фелпс (Питър Грейвс) е призован на помощ, за да може новият екип на Отряда за невъзможни мисии да залови убиеца и да въдвори справедливост.