Изминали са 15 години от загадъчна глобална катастрофа, която е поставила Човечеството на ръба на оцеляването. Но тези, които са останали живи, са изправени пред още по-страшни изпитания.
Земята е атакувана от „Ангели” – загадъчни гигантски същества, появили се от неизвестно място. Единственото оръжие на планетата, способно да им се противопостави – това е роботът от серията „Евангелион”, създаден чрез напреднали био технологии. Той може да се синхронизира с телата на тези, които го управляват. Този отряд от уникални бойци се обучават и живеят в подземния град Токио – 3, щаб-квартира на организацията „НЕРВ”, оглавяваща защитата на Земята.
Синдзи, Аска и Рей са пилоти, между които съществуват крайно сложни взаимоотношения, но именно от тях зависи съдбата на планетата и разгадаването на тайната на зловещите „Ангели”.